ふたりでマーブルしちゃいます！ 昨日の敵は今日も恋人！？

学園に通う大宮寺睦峰（主人公）は、ある日登校中に電車で乗り合わせた二人の女の子を痴漢達から守った。

翌日主人公のクラスに二人の転入生がやってきた。偶然なことに、それは痴漢から助けた二人の女の子。彼女達はたまたま空いていた主人公の 両隣の席に座ることになる。学園では突如転校してきたルシアとエリスが引き金となり、密かに主人公をねらっていた女の子達による、激しい主人公争奪戦が始まった。

そんな中、行きつけのPCパーツショップへ赴くと、普段と様子が違う、店長の中野仁が待っていた。

「打ち明けたいことがある。実はこの街が危険にさらされている。そこで、キミに手伝って欲しい事が有るのだが・・・。」

正義感の強い主人公は乗せられて、悪の女戦士と思いこみ、正義のヒロイン達（変身したルシアとエリス）と戦うことを引き受けてしまう。これを機に正体を隠した主人公と、正義のヒロイン達の戦いが繰り広げられる。

世界の、そして学園の平和は色々な意味で訪れるのだろうか。